Важливим напрямом двостороннього співробітництва є гуманітарна допомога Україні з боку Швейцарії.
Швейцарія бере активну участь у відновленні системи життєзабезпечення в Донецькій та Луганській областях. Така допомога є різноплановою та включає як технічну допомогу (4-річна програма), так і різного роду гуманітарну та фінансову допомогу. Гуманітарна допомога Швейцарії для України надається як на державному, так і на громадському та приватному рівнях.
Сьогодні Швейцарія є фактично єдиною державою, яка забезпечує надання гуманітарної допомоги по обидва боки лінії розмежування на сході України. Основними гуманітарними проєктами є очищення питної води на Донбасі, доставка медикаментів та медичного обладнання.
З квітня 2015 р. громадською асоціацією «Help-Point Sumy» з м. Волен на схід України було направлено 12 гуманітарних вантажів. У червні та грудні 2019 р. – 10-й та 11-й гуманітарні вантажі загальною вартістю склала 3,0 млн. шв. франків. Ці вантажі формуються та відправляються за сприяння Швейцарської агенції розвитку та співробітництва.
Під час відвідання Президентами України В.Зеленським та Президентом Швейцарії С.Соммаругою м.Словʼянськ у липні 2020 р. відбулася передача 12-го транспорту. Це 17 вантажівок з гуманітарною допомогою: 15 вантажівок хімічних реагентів (коагулянт сульфат алюмінію) для потреб КП «Вода Донбасу»; 1 вантажівка з медичним обладнанням і захисними витратними матеріалами для боротьби з COVID-19; 1 вантажівка з двома гідролізними апаратами (КЄУ 200) для очищення води у мм. Волноваха та Маріуполь).
Серед постійних надавачів допомоги для України - інші недержавні благодійні організації: «Акція допомоги Західній Україні Остреферат» з м. Цюріх, «Мережа Швейцарія-Закарпаття/Україна» (NeSTU), об’єднання «Bär & Leu» (Співпраця Берн-Львів), асоціація «Парасолька», Благодійний фонд «24h — Help».
Асоціація українців «Children-UA» організовує щорічні табори в Швейцарії для українських дітей, навчально-виховні заклади «Kinderdorf Pestalozzi» та «Tschernobyl Kinder» з м. Санкт-Галлен на регулярній основі приймають групи дітей та молоді з України.
Благодійну допомогу малозабезпеченим сім'ям, дітям, які потребують лікування, постраждалим громадянам в зоні бойових дій, військовим і пожежникам України, а також українським медичним закладам на постійній основі здійснює українська громада Швейцарії - осередки українців у містах Цюріх, Женева, Берн, Базель, Лозанна.